在之前一文中已经介绍过使用EvolView绘制进化树+点状图的组合图，这里再为大家介绍使用另一个工具iTOL绘制类似图表的方法。
闲言少叙，我们就直接开始吧~
进化树上传
进入iTOL的主页（），先注册个账号，这样便于反复使用自己的工程文件。登录ITOL后在My Trees页面，点Uploadtree files上传进化树。这里的进化树文件为nwk格式，可由MEGA等进化树构建软件生成，具体方法见之前的文章。
单击进化树的文件名，可打开进化树，如下图。
添加点图数据
iTOL进化树的点图添加需要Datasets下的注释文件。通过help页面可下载到相应注释文件的模板。与EvolView相比，iTOL的注释文件显得非常“复杂”，初次接触的童鞋很可能会望而却步。
我这里提供的是“精简版”的注释文件，非常简单，大家只需根据自己的数据更改绿色字体部分即可，如下：
DATASET_EXTERNALSHAPE
#SEPARATOR TAB
#SEPARATOR SPACE
#数据分隔符的选择，这里选择逗号；
SEPARATOR COMMA
#自定义数据集标签；
DATASET_LABEL,Shape plots
#定义数据集标识颜色，这里保持默认的红色；
COLOR,#ff0000
#定义每列数据点的颜色，这里有8列数据，所以需要写8个颜色值（可以使用相同的颜色）；
FIELD_COLORS,#993333,#CCCC00,#663366,#FF9966,#FF6666,#FFCCCC,#999933,#993333
#定义数据列名称；
FIELD_LABELS,f1,f2,f3,f4,f5,f6,f7,f8
DATA
#添加个人数据，用逗号分隔；
Q9VK21_DROME,9,10,9,9,9,4,9,9
Q7PMB5_ANOGA,7,7,7,7,6,6,6,6
KLH21_DANRE,6,6,6,5,3,3,3,3
KLH21_HUMAN,3,4,3,3,10,10,10,9
KLH30_XENLA,6,6,5,5,6,6,6,6
KLH31_MOUSE,3,9,3,6,10,3,10,10
……
Data部分可用Excel准备，第1列为序列ID，第2列之后为数据矩阵，如果数据之间的差异很悬殊，可使用Z-Score、取对数等方法对数据进行标准化。
注意，本文设置的是逗号分隔的数据，只需将表格导出为逗号分隔的CSV文件即可快速生成Data部分的数据，如下图。
至于配色方案的获取，我依然推荐千图网的配色表，我这里是从“红色”表（如下图）中选择了7种颜色。
（）
注释文件准备好后，将txt格式的注释文件拖到iTOL窗口中即可完成点图的添加，如下图，调节水平方向的Scaling factors可改变进化树分支的整体长度。
组合图的调整
在Datasets选项卡下，点齿轮⚙图标，可对数据集进行进一步的调整，比如数据集的标识颜色、点的形状类型、形状是否填充颜色、点与点之间的间隔、列名称是否显示等等，如下图。
我这里选择No，隐藏水平和垂直的网格线（grid），将Shape type改为star后，可得到好看的“星星图”，如下：
可是，我还是喜欢点图，调整满意后即可通过Export选项卡导出所需格式的图片，方法如下。
最终的效果如下图：
本文所用到的进化树和注释文件已上传到OmicShare论坛，点 阅读原文 查看，大家可以下载下来练习使用。今天的内容就到这里啦~
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